预付款融资通常是基于核心企业的业务进行，核心企业是属于生产型企业，下游采购商给核心企业下订单，需要预支付订单全额，核心企业收到货款后再进行生产。
此时如果采购缺资金情况则无法进行下订单。
在这个基础上，金融机构介入在供应链环节中，提供预付款融资产品。
采购商只需要支付一定比例的保证金，剩余资金由金融机构进行垫付。
在生产完成，货权控制在核心企业手中，采购商在进行提货时，必须先还款给金融机构，金融机构开具放货通知单。
核心企业接收到放货通知单再进行放货。
如果下游采购商违约，则需要由核心协助金融机构处理货物，将货物处置完成后的资金，再还款给金融机构。
预付款融资交易结构（根据金融机构要求会有不同的改动）
预付款融资模式主要是以生产型企业为主，金融机构已经介入到供应链环节中，核心企业协助金融机构完成整个融资流程。
在整个供应链融资中，有核心企业、上下游中小企业、商业银行三个主要参与方。
其中，核心企业资信水平好，信用评级高，通过担保、回购等方式帮助将自身信用与中小企业进行捆绑，降低中小企业的融资门槛。
从而帮助靠自身信用无法获得贷款的中小企业进行融资，在整个供应链融资中起到主导作用；
存货融资模式：
除了以上两种方法之外，核心企业还可以采用存货融资或称“融通仓融资”的方式帮助中小企业融资。
这种融资模式常常发生于核心企业经营活动的任何环节。
因为只要配套的中小企业拥有能够被认可的存货就可以进行存货融资。
就可以将其质押获得贷款，本质上并不一定需要核心企业的参与。
但是，核心企业可以与银行签订回购协议，承诺如果中小企业无法回款则由自身回购质押的存货。
这样可以降低银行对风险的评估结果，从而进一步降低中小企业的融资难度。
帮助中小企业更顺利地生产经营，维持供应链的稳定，终惠及自身。
企业的存货通过第三方物流企业和银行的评估后，就可以用以质押换得贷款，
而核心企业在整个环节的作用，就是以或有回购的形式降低中小企业获得贷款的门槛。
通过这种方法，核心企业可以帮助上下游拥有符合标准的存货的中小企业更容易地获得资金，甚至可以自己采用这种模式为自身进行融资。
核心企业帮助上下游配套企业解决融资困境后，他们就可以更顺利地经营和生产，提供稳定、高质的货源以及销售渠道。
从而降低因供应链某一环节断裂而造成的核心企业的经营风险。
目前，供应链金融尽管在很大程度上减少了中小企业受信中的道德风险。但是，由于供应链融资中的中小企业自身抗市场风险能力较弱，且供应链金融参与者众多，而且可能涉及不同的产业、技术领域，其运作存在的一些潜在风险不容忽视。