花白鲢鱼苗常见疾病有打印病，主要由感染引起。患病鱼苗体表出现圆形或椭圆形红斑，好似印章盖印，病灶部位鳞片脱落，肌肉腐烂。预防打印病，要定期对养殖池塘进行，保持水质清洁。时，可全池泼洒二氧化氯等剂，同时在饲料中添加，如土霉素等，连续投喂 3 - 5 天。
指环虫病也是花白鲢鱼苗常患疾病，由指环虫寄生在鳃上引起。患病鱼苗鳃丝黏液增多，鳃丝肿胀、贫血，严重时鳃丝坏死。防治指环虫病，可使用敌百虫溶液全池泼洒，或用甲苯咪唑溶液进行药浴。此外，白皮病也不容忽视，白皮病多发生在鱼苗培育阶段，由感染引起。患病鱼苗尾部或背鳍基部出现白色斑块，随着病情发展，白色斑块逐渐蔓延至全身。预防白皮病，要避免鱼苗受伤，保持水质良好。发病时，可全池泼洒含氯剂，同时投喂含磺胺类的药饵。定期对花白鲢鱼苗进行检查，及时发现疾病并采取有效措施，是保障鱼苗健康生长的重要手段。